マイクロ法人は税務調査の対象？税理士が特徴や対策を解説

この記事は、マイクロ法人を設立・運営している経営者や、これから法人化を検討している個人事業主・フリーランスの方に向けて税務調査の基礎知識から、調査リスクを減らすための実践ポイント、税理士の活用法、調査後の対応まで、マイクロ法人経営者が知っておくべき情報を経験豊富な税理士の北村嘉章税理士（北村税理士事務所)がわかりやすく解説します。

これからの安心経営のために、ぜひ参考にしてください。

マイクロ法人は税務調査の対象になる？基本知識と最新動向

マイクロ法人は規模が小さいため「税務調査とは無縁」と考えがちですが、実際には税務調査の対象となることがあります。税務署は、法人の規模や売上に関係なく、申告内容や経費計上に不自然な点があれば調査を行います。

特に、節税目的で設立されたマイクロ法人や、売上がない・赤字が続く法人は、事業実態が疑われやすく、調査対象となるリスクが高まります。

近年は、AIやデータ分析の進化により、小規模法人でも不審な動きがあればピックアップされやすくなっているため、油断は禁物です。

最新の動向として、マイクロ法人の設立増加に伴い、税務署も監視を強化している傾向があります。

税務調査とは何か？一般的な流れと対象法人の基準

税務調査とは、税務署が法人や個人の申告内容が正しいかどうかを確認するために行う調査です。一般的な流れは、事前通知（電話や書面）→調査当日（帳簿・領収書の確認、質疑応答）→調査結果の説明→必要に応じて修正申告や追徴課税、というステップです。

調査の対象となる法人は、売上規模や業種に関係なく、無作為抽出や申告内容の不自然さ、過去の調査履歴などをもとに選ばれます。特に、売上が急増・急減した法人や、経費計上が多い法人、無申告や申告漏れが疑われる法人は、重点的に調査される傾向があります。

調査対象の基準	特徴
無作為抽出	ランダムに選ばれる
不自然な申告内容	経費や売上の変動が大きい
過去の調査履歴	以前に指摘があった法人

マイクロ法人とは？特徴と設立の背景

マイクロ法人とは、従業員がほとんどいない、または1人～数人で運営される小規模な法人を指します。主にフリーランスや個人事業主が、節税や社会保険料の負担軽減、信用力向上などを目的に設立するケースが多いです。

個人事業主として活動していると、所得税や住民税、国民健康保険料の負担が大きくなりがちですが、法人化することで役員報酬の調整による社会保険料の負担軽減や経費計上の幅が広がり、節税効果が期待できます。

また、法人名義での契約や融資がしやすくなるなど、ビジネス上のメリットもあります。ただし、法人化による税務申告や会計処理の複雑化、税務調査リスクの増加といったデメリットも存在します。

マイクロ法人が税務調査で注目される理由とリスク

マイクロ法人が税務署に目をつけられるケースとは

マイクロ法人は、規模が小さいからといって税務署から無視されるわけではありません。特に、節税目的が強く事業実態が薄い場合や、売上がほとんどないのに高額な経費を計上している場合、または役員報酬が極端に低い・高い場合などは、税務署に目をつけられやすくなります。

さらに、無申告や申告漏れ、急激な売上・利益の変動、個人と法人の資金の流れが不明瞭な場合も、調査対象となるリスクが高まります。

これらのケースでは、税務署から「お尋ね」や「呼び出し」が来ることもあるため、日頃から適切な帳簿管理と申告が重要です。

業種・売上・規模ごとの調査リスクの違い

マイクロ法人の税務調査リスクは、業種や売上規模によっても異なります。現金商売や飲食業、不動産業などは、売上のごまかしや経費の水増しが疑われやすく、調査リスクが高い傾向にあります。

一方、ITやコンサル業などのサービス業は、売上や経費の流れが比較的明確なため、リスクはやや低めですが、急激な売上増減や不自然な経費計上があれば調査対象となります。

また、売上規模が小さくても、経費の割合が高い法人や、赤字が続く法人は注意が必要です。

いっときの赤字であれば調査が来ないわけではありませんが、特に『消費税の還付を受けている場合』や『源泉所得税の納付漏れが疑われる場合』は、赤字でも調査対象となります

業種	調査リスク
現金商売（飲食・小売）	高い
不動産業	高い
IT・コンサル	中～やや低
士業	中

税理士なしで自分で決算を行う場合の注意点と後悔しないためのコツ

マイクロ法人の中には、コスト削減のため税理士を使わず自分で決算や申告を行う方もいます。しかし、税務知識が不十分なまま申告すると、経費の計上ミスや申告漏れ、帳簿の不備などが発生しやすく、税務調査で指摘されるリスクが高まります。

特に、交際費や旅費交通費、役員報酬の設定などは税法上のルールが細かく、知らずに違反してしまうケースも少なくありません。後悔しないためには、最低限の会計知識を身につけること、会計ソフトを活用すること、疑問点は専門家にスポット相談することが重要です。

マイクロ法人の税務調査対策ポイント

帳簿・申告内容のミス＆申告漏れを防ぐポイント

税務調査で最も多い指摘は、帳簿の記載ミスや申告漏れです。これを防ぐためには、日々の取引を正確に記帳し、領収書や請求書などの証憑をきちんと保管することが大切です。

また、経費の内容や支出の目的を明確に記録し、税法上認められる範囲で計上することが重要です。会計ソフトを活用すれば、仕訳や集計のミスを減らすことができます。

決算前には必ず帳簿と実際の取引内容を突き合わせ、漏れや誤りがないかチェックしましょう。

現金・経費管理、会計処理でよくある不審指摘事例

税務調査でよく指摘されるのが、現金管理のずさんさや経費の不自然な計上です。例えば、現金売上の記録漏れや、プライベートな支出を経費に混ぜているケース、領収書のない経費計上などは、調査官に不審に思われやすいポイントです。

また、役員報酬の設定が不自然だったり、家族への給与支払いが実態と合っていない場合も指摘対象となります。これらを防ぐには、現金出納帳をきちんとつけること、経費の内容を明確にし、証憑を必ず保管することが大切です。

意図的な節税・違法なカットの線引きとペナルティのリスク

節税は合法的な範囲で行うことが大前提です。しかし、経費の水増しや架空経費の計上、売上の隠蔽などは明確な脱税行為となり、税務調査で発覚すれば重いペナルティが科されます。

意図的な違法行為と認定されると、過少申告加算税や重加算税、延滞税などが課されるだけでなく、悪質な場合は刑事告発されることもあります。

節税と脱税の線引きは非常に重要で、グレーゾーンの判断に迷った場合は必ず税理士など専門家に相談しましょう。

行為	リスク・ペナルティ
合法的な節税	問題なし
経費の水増し・架空経費	重加算税・延滞税・刑事告発
売上の隠蔽	重加算税・刑事罰

マイクロ法人の税務調査後に後悔しないために

税務調査に関しては、多くの経営者が不安や疑問を抱えています。「どんな書類を用意すればいい？」「調査官の質問にはどう答えるべき？」「過去のミスが見つかったらどうなる？」など、よくある質問に対しては、専門家が冷静に対応することが大切だとアドバイスしています。

事前に必要書類を整理し、調査官には事実を正直に伝えること、ミスがあった場合は速やかに修正申告を行うことが信頼につながります。また、調査官とのやり取りは記録を残し、疑問点はその場で確認しましょう。

執筆者プロフィール

北村 嘉章

所属：四国税理士会丸亀支部 税理士登録番号137832
肩書：
北村嘉章税理士事務所　代表税理士
合同会社 N village consulting 代表社員
穴吹カレッジ「香川県留学生支援会」　監事
家族：妻と長女と長男の4人家族
職歴：日亜化学工業株式会社(青色発光ダイオード)特許部
大手税理士法人である税理士法人ゆびすいで税理士登録
税理士業界での経験年数は10年

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