税務調査の4部門とは？法人経営者が知るべき種類と中小企業が今すぐすべき対策を税理士が解説

「税務調査には種類があるの？」——法人経営者の多くは「税務調査＝1つのもの」と思っていますが、実は税務署には複数の部門があり、それぞれが担当する調査内容が異なります。この記事では、税務調査の4部門（4つの種類）と、丸亀・坂出・善通寺・三豊の中小企業が今すぐ行うべき対策をお伝えします。

税務調査の4つの種類（部門）

1. 法人税・所得税調査（一般調査）

最も一般的な税務調査で、法人税や個人の所得税の申告内容を確認するものです。帳簿・領収書・通帳などを照合し、売上の計上漏れや経費の不正計上がないかを調べます。中小企業・個人事業主が最も遭遇しやすい調査です。

2. 消費税調査

消費税の申告内容を確認する調査です。特に2023年10月のインボイス制度導入後は、適格請求書（インボイス）の発行・保存・処理が適切かどうかの確認が重点項目になっています。仕入税額控除の誤りや、免税事業者からの仕入れの処理なども確認されます。

3. 源泉徴収調査

役員報酬・従業員給与・外注費・不動産の賃料・士業への報酬などに対する源泉徴収が正しく行われているかを調べる調査です。特に「外注費」として計上している費用が実質的に「給与」に該当する場合、源泉徴収漏れとして追徴されることがあります。

4. 相続税・贈与税調査

個人の相続税・贈与税の申告内容を確認する調査です。申告漏れの財産（名義預金・タンス預金・生前贈与など）がないかを中心に調べます。相続税調査は、申告から1〜2年後に来ることが多いとされています。

中小企業が今すぐすべき対策

対策1：帳簿・証憑の整備

どの部門の調査でも、最終的に確認されるのは帳簿と証憑（領収書・請求書・通帳）です。日頃から整理・保管しておくことが最大の調査対策になります。電子帳簿保存法（電子データでの保存義務）にも対応しておく必要があります。

対策2：外注費と給与の区分を明確に

個人に業務を依頼する場合、「外注費（委託）」か「給与（雇用）」かの区分が非常に重要です。雇用実態があるにもかかわらず「外注費」として処理すると、源泉徴収漏れとして指摘されます。契約書・業務指示の方法・報酬の支払い方法などを整理しておきましょう。

対策3：インボイス対応を確認する

2023年10月以降、仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの確認が必要です。インボイスが要件を満たしていない場合、仕入税額控除が受けられなくなります。定期的に取引先のインボイス登録状況を確認し、適切な処理を行いましょう。

対策4：顧問税理士に相談して定期的なチェックを行う

税務調査の対策は、問題が起きてから対処するより、日頃から顧問税理士と連携して予防的に行う方が効果的です。月次の帳簿確認の際に「税務調査で指摘されそうな箇所」を一緒に確認しておくことをおすすめします。

北村嘉章税理士事務所の税務調査対策サポート

北村嘉章税理士事務所は、丸亀市・坂出市・善通寺市・三豊市の中小企業を中心に、税務調査に強い顧問サービスを提供しています。

• 月次での帳簿確認・リスク箇所のチェック
• 外注費・給与の区分整理
• インボイス対応のチェックと改善
• 税務調査通知後の対応・立会い

まずはお気軽にご相談ください。初回相談は無料です。

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税務調査が来やすい企業・個人の特徴

税務調査の対象は無作為ではなく、一定の選定基準があります。国税庁の申告データと業界平均を比較した際に不自然な点がある事業者が選ばれやすい傾向があります。具体的には、売上に対して利益率が極端に低い・現金売上の多い業種（飲食・小売・士業等）で申告所得が低い・急激な売上増減がある・高額な交際費・旅費が計上されている・同族会社で不自然な取引があるなどです。これらに該当する場合、普段から適切な処理を心がけることが重要です。

税務調査の事前準備チェックリスト

税務調査の連絡を受けた際に備えて、次の書類を整理しておくことをお勧めします。過去5〜7年分の確定申告書・決算書、売上・仕入の請求書・領収書（紙・電子データ両方）、通帳のコピー（すべての口座）、従業員への給与関連書類（源泉徴収・年末調整）、不動産・固定資産の契約書・登記事項証明書、役員貸付金がある場合は関連書類などです。事前に税理士と確認しておくことで、調査当日を落ち着いて迎えられます。

税務調査当日の対応ポイント

調査当日は、調査官の質問に対して「事実のみ」を答えることが原則です。わからないことは「確認してから回答する」と伝えましょう。税理士が立会っている場合は、調査官とのやり取りを税理士が整理・補足するため、余計な発言を防げます。また調査官からの要求が調査の範囲を超えていると感じる場合も、税理士を通じて対応することで適切な範囲内に収めることができます。

調査後の修正申告・更正処分について

税務調査の結果、誤りが指摘された場合は修正申告書の提出を求められます。修正申告に応じた場合は過少申告加算税（原則10%）と延滞税が発生します。一方、調査官の指摘内容に納得できない場合は「更正処分」を受け、その後に不服申立て（再調査の請求・審査請求）や税務訴訟を行う選択肢もあります。修正申告を安易に受け入れる前に、税理士と十分に協議することが重要です。

丸亀税務署管内での調査傾向

丸亀税務署は丸亀市・坂出市・善通寺市・多度津町・まんのう町・琴平町などを管轄しています。管内では農業・建設業・小売業・飲食業の調査が比較的多い傾向にあります。農業を営む事業者では農業所得の計上方法、建設業では外注費の処理・収益の計上基準が注目されることが多いです。地域の特性を熟知した当事務所が、調査前の対策から当日の立会いまでサポートします。

よくある質問（Q&A）

Q：税務調査の連絡が来ましたが、税理士がいません。すぐ依頼できますか？
A：はい、対応可能です。まずはお電話またはメールでご相談ください。調査日程の調整から対応します。

Q：個人事業主でも税務調査は来ますか？
A：来ます。特に副業・不動産収入・フリーランスで申告所得が低いケースや、高額な経費計上がある場合は注意が必要です。

税務調査と関連する最新の法改正

税務調査に関連して、近年の法改正で注意すべき点があります。電子帳簿保存法の改正（2024年以降）により、電子取引データの電子保存が義務化されました。調査官が電子帳簿の確認を求める際、適切に保存されていない場合は不利な扱いを受ける可能性があります。またインボイス制度の導入後は、仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの確認・管理が新たな調査項目となっています。

さらに国税庁はデジタルインボイスの普及や、AIを活用した申告データの分析を進めています。申告内容の不自然な点を以前より精度高く検出できるようになっているため、適切な帳簿管理と正確な申告がますます重要になっています。

税務調査対応の費用について

税務調査の立会いや事前対策の費用は、対応内容・期間によって異なります。顧問契約中の場合、調査当日の立会いは顧問料に含まれるケースが多いです。顧問契約のない方が調査対応を依頼する場合は、別途費用が発生します。費用については事前にお見積もりをお伝えしますので、安心してご相談ください。税務調査で追徴課税を受けた場合の損失に比べ、専門家費用は十分に見合うケースがほとんどです。