法人4部門の税務調査とは？各部門の違いと対策を税理士が解説

この記事は、法人経営者や経理担当者、税務調査に不安を感じている方、または税理士や会計事務所のスタッフなど、法人税務調査に関心のあるすべての方に向けて「法人4部門 税務調査」とは何か、各部門の違いや調査の流れ、対策方法まで、経験豊富な税理士の北村嘉章税理士（北村税理士事務所)がわかりやすく解説します。

これから税務調査に備えたい方や、調査の仕組みを知りたい方はぜひご一読ください。

法人4部門の税務調査とは？基本概要と調査の重要性

法人4部門の税務調査とは、税務署や国税局が法人の申告内容や経理状況を確認し、適正な納税が行われているかをチェックするための調査のことです。

税務署には複数の部門があり、その中でも法人課税部門は法人税や消費税など法人に関する税目を担当します。特に「法人4部門」と呼ばれる部門は、規模の大きな法人や特定の業種、申告内容に特徴のある法人を重点的に調査する役割を担っています。

税務調査は、税収の確保や公平な課税の実現、脱税防止の観点から非常に重要な業務です。調査を受ける法人にとっても、経理や申告内容の見直し、内部統制の強化につながるため、正しい知識と対策が求められます。

税務署の組織構成｜法人課税部門・個人課税部門の違い

税務署の組織は、主に総務課、管理運営部門、徴収部門、個人課税部門、資産課税部門、法人課税部門の5つに分かれています。このうち、法人課税部門は法人税や消費税など法人に関する税目を担当し、個人課税部門は所得税や贈与税など個人に関する税目を担当します。

法人課税部門はさらに複数の部門に細分化されており、規模や業種、申告内容に応じて調査を分担しています。一方、個人課税部門は主に個人事業主や高額所得者、相続・贈与案件などを担当します。

それぞれの部門が専門性を持ち、効率的かつ的確な税務調査を実施する体制となっています。

部門名	主な担当税目	主な調査対象
法人課税部門	法人税・消費税	法人全般
個人課税部門	所得税・贈与税	個人事業主・高額所得者

法人4部門とは何か？法人課税第3部門・第5部門等との比較も解説

法人4部門とは、税務署の法人課税部門の中でも特に「特別調査部門」と呼ばれることが多く、規模の大きな法人や、申告内容に特徴のある法人を重点的に調査する役割を持っています。

一般的に、法人課税部門は第1部門から第5部門まで分かれており、それぞれ担当する法人の規模や業種、調査の難易度が異なります。
法人課税第3部門は源泉所得税の調査や審理を担当するケースが多く、法人課税第5部門は中小規模法人の調査を主に行います。

法人4部門は、管内での規模が大きい法人や、複雑な取引を行う法人、過去に指摘事項が多かった法人など、調査の難易度が高い案件を担当するケースが多いことが特徴です。

そのため、調査の精度や専門性が求められる部門といえます。

部門名	主な担当	特徴
法人課税第3部門	源泉所得税	法人・個人の源泉所得税調査
法人課税第4部門	特別調査	大規模法人・難易度の高い案件
法人課税第5部門	中小法人	中小規模法人の調査

法人4部門（特調）が動くということは、単なる定期調査ではなく、「何か特定の狙いがある」または「調査期間を長く設けて深く掘り下げる必要がある」と判断された可能性が高いと言えます。

税務調査の目的や必要性と国税局・税務署が注目するポイント

税務調査の主な目的は、法人や個人が適正に申告・納税しているかを確認し、税収の確保と公平な課税を実現することです。国税局や税務署は、申告内容に不自然な点や不審な点がある場合、または過去に指摘事項が多かった法人、業種特有のリスクが高い法人などに注目して調査を行います。

特に、売上高や利益の急増・急減、経費の大幅な増減、取引先との不明瞭な取引、海外取引の有無などがチェックポイントとなります。

また、税務調査は脱税や申告漏れの防止だけでなく、法人の経理体制や内部統制の健全化にも寄与します。

法人4部門ごとの税務調査の特徴と違い

法人4部門ごとの税務調査には、それぞれ担当する法人の規模や業種、調査の深度に違いがあります。
特に法人課税第4部門は、特別調査部門として大規模法人や複雑な取引を行う法人を中心に調査を実施します。
一方、他の部門は中小規模法人や特定の税目に特化した調査を担当することが多いです。
調査の際には、帳簿や決算書の精査だけでなく、取引の実態や内部統制の状況まで詳細に確認されることが特徴です。
また、調査官の経験や専門性も高く、指摘事項が多岐にわたる傾向があります。
このため、法人4部門の調査を受ける場合は、事前準備や専門家のサポートが特に重要となります。

法人4部門の役割と担当範囲｜法人課税第3部門・個人課税第4部門との違い

法人4部門は、主に大規模法人や特定のリスクが高い法人を対象に、深度のある調査を行う役割を担っています。法人課税第3部門は源泉所得税の調査や審理を担当し、法人課税第5部門は中小法人の調査を主に行います。

個人課税第4部門は、個人事業主や高額所得者の調査を担当し、法人とは異なる視点で調査を進めます。法人4部門は、特に複雑な取引やグループ会社間の取引、海外取引など、専門的な知識が必要な案件を多く扱うため、調査の精度や深度が他部門より高いのが特徴です。

この違いを理解することで、調査への備え方も変わってきます。

部門名	主な担当範囲	特徴
法人課税第3部門	源泉所得税	法人・個人の源泉所得税調査
法人課税第4部門	大規模法人・特別調査	複雑・高リスク案件
法人課税第5部門	中小法人	中小規模法人の調査
個人課税第4部門	個人事業主・高額所得者	個人の税務調査

調査対象となる法人・個人事業主・組織の基準と規模

税務調査の対象となる法人や個人事業主、組織には一定の基準や規模があります。法人4部門が担当するのは、主に資本金が大きい法人や、売上高が高い企業、複雑なグループ会社を持つ法人などです。

一方、個人課税部門は高額所得者や大規模な個人事業主を中心に調査します。調査対象の選定には、過去の申告内容や業種ごとのリスク、取引の内容なども考慮されます。

また、特定の年度や取引に不自然な点が見られる場合も、調査対象となりやすいです。このように、調査の基準や規模は多角的に判断されているため、どの法人・個人も油断はできません。

対象となりやすい業種・申告内容・年度・利益等の基準

税務調査の対象となりやすい業種や申告内容には、いくつかの特徴があります。

例えば、現金商売が多い飲食業や小売業、建設業、不動産業などは、売上や経費の計上に不透明な部分が生じやすいため、調査対象となりやすいです。

また、売上高や利益が急激に変動した年度や、経費の大幅な増減が見られる場合も、調査のリスクが高まります。さらに、海外取引やグループ会社間の取引が多い法人、過去に修正申告や指摘事項があった法人も注意が必要です。

これらの基準を把握し、日頃から適正な経理処理を心がけることが重要です。

業種	調査リスク
飲食業・小売業	現金取引が多く不透明になりやすい
建設業・不動産業	大口取引や経費計上が複雑
IT・コンサル業	売上・経費の変動が大きい

税務調査の種類とその流れ（任意調査と強制調査の違い）

税務調査には大きく分けて「任意調査」と「強制調査（査察）」の2種類があります。任意調査は、税務署や国税局が事前に通知を行い、納税者の協力のもとで実施される調査です。

一方、強制調査は、重大な脱税の疑いがある場合に、裁判所の令状を得て強制的に行われる調査で、いわゆる「マルサ」と呼ばれる国税局査察部が担当します。

調査の流れや対応方法はそれぞれ異なるため、事前に違いを理解しておくことが重要です。特に任意調査は多くの法人が経験するため、流れやポイントを押さえておきましょう。

任意調査・一般調査・実地調査の流れと特徴

任意調査は、税務署から事前に連絡があり、調査日程や調査内容について打ち合わせが行われます。一般調査や実地調査では、帳簿や決算書、領収書などの書類を確認し、必要に応じて現場の視察や関係者へのヒアリングも実施されます。

調査期間は1日から数日程度が一般的ですが、内容によっては長期化することもあります。調査後は、指摘事項や修正点について説明があり、必要に応じて修正申告や追徴課税が行われます。

調査官とのやり取りや書類の提出には、正確かつ迅速な対応が求められます。

強制調査（査察部）の概要と調査基準（国税局査察部の役割）

強制調査は、重大な脱税や悪質な申告漏れが疑われる場合に、国税局査察部（いわゆるマルサ）が担当します。この調査は裁判所の令状に基づき、強制的に帳簿や資料を押収したり、関係者への事情聴取を行うことが特徴です。

一般の任意調査とは異なり、納税者の同意がなくても調査が進められます。強制調査の対象となるのは、巨額の脱税や組織的な不正が疑われるケースが中心です。

調査後は刑事告発や重加算税の賦課など、厳しい処分が科されることもあります。通常の法人にはあまり関係ありませんが、万が一のリスクとして知っておくことが大切です。

調査種別	担当部門	特徴
任意調査	税務署・国税局	事前通知・協力型
強制調査	国税局査察部	令状による強制・刑事告発も

税務調査の時期・頻度・実施確率について

税務調査が実施される時期や頻度は、法人の規模や業種、過去の申告状況によって異なります。一般的には、決算期後や申告後の数か月から1年以内に調査が行われることが多いです。

調査の頻度は、通常3年から5年に1回程度が目安とされていますが、リスクが高い法人や過去に指摘事項が多かった場合は、より短いサイクルで調査が入ることもあります。

また、無作為抽出や特定業種への重点調査など、国税当局の方針によっても変動します。調査の実施確率は全法人の数％程度ですが、油断せず日頃から適正な経理を心がけることが重要です。

税務調査で見られる主な項目や書類と指摘されやすい事項

税務調査では、売上や利益、帳簿、決算書などの基本的な書類から、取引先との契約書や領収書、経費の証拠資料まで幅広く確認されます。

特に、売上の計上漏れや経費の過大計上、架空取引の有無などが重点的にチェックされるポイントです。また、消費税や源泉所得税、印紙税などの税目ごとに適正な処理がなされているかも確認されます。

指摘されやすい事項としては、現金取引の管理不備、交際費や福利厚生費の私的流用、棚卸資産の過少計上などが挙げられます。これらの項目を日頃から正確に管理し、証拠書類を整備しておくことが重要です。

売上高・利益・帳簿・決算書・資料の準備とチェックポイント

税務調査では、売上高や利益の計上が正確かどうか、帳簿や決算書の整合性が重視されます。売上伝票や請求書、入金記録などの証拠資料が帳簿と一致しているか、利益の計算根拠が明確かを確認されます。

また、経費の証拠書類や領収書、契約書なども調査官が細かくチェックします。資料の準備では、年度ごとにファイリングし、すぐに提示できる状態にしておくことが大切です。

税務調査の事前準備と当日の対応方法

税務調査を円滑に乗り切るためには、事前準備と当日の対応が非常に重要です。まず、調査通知を受けたら、必要な帳簿や証拠書類を整理し、調査官が確認しやすいように準備しましょう。

当日は、調査官の質問に正確かつ誠実に答えることが大切です。また、調査の趣旨や指摘事項については必ずメモを取り、後日の対応に備えましょう。不明点や疑問があれば、その場で確認することも重要です。

税理士や専門家の同席を依頼することで、より安心して対応できます。

法人4部門の税務調査対策（指摘・追徴を避けるためのポイント）

法人4部門の税務調査に備えるためには、日頃からの経理体制の整備と、証拠書類の管理が不可欠です。調査で指摘や追徴課税を受けないためには、売上や経費の記録を正確に行い、帳簿や領収書、契約書などの証拠資料を年度ごとに整理しておくことが重要です。

また、税理士や専門家と定期的に相談し、申告内容や経理処理に不備がないかチェックすることも有効です。調査のリスクが高い取引や業種の場合は、特に注意深く管理し、疑問点は早めに専門家へ相談しましょう。

これらの対策を徹底することで、調査時の不安やトラブルを大幅に減らすことができます。

執筆者プロフィール

北村 嘉章

所属：四国税理士会丸亀支部 税理士登録番号137832
肩書：
北村嘉章税理士事務所　代表税理士
合同会社 N village consulting 代表社員
穴吹カレッジ「香川県留学生支援会」　監事
家族：妻と長女と長男の4人家族
職歴：日亜化学工業株式会社(青色発光ダイオード)特許部
大手税理士法人である税理士法人ゆびすいで税理士登録
税理士業界での経験年数は10年

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