【丸亀・坂出・善通寺・多度津】税務調査のオンライン対応が急増！電子帳簿保存法対応と準備を税理士が解説

「税務調査はオンラインでも対応できるの？」「書類をどうやって提出すればいい？」——2020年以降、税務調査のデジタル化が急速に進み、オンライン（ビデオ通話・書面電子送付）による調査が普及しています。

従来の「調査官が事務所に来る」という形式に加え、今ではオンライン調査が選択肢の一つになっています。この記事では、香川県（丸亀・坂出・善通寺・多度津）の経営者・個人事業主の方に向けて、税務調査のオンライン対応について北村嘉章税理士事務所が解説します。

税務調査のオンライン化——何が変わったのか

対面調査とオンライン調査の違い

従来の実地調査は、調査官が納税者の事務所や自宅を訪問して行われていました。オンライン調査では、ビデオ通話（ZoomやTeams等）を通じて調査官と面談し、電子データで書類を送付する形式が取られます。

オンライン調査が選ばれるケースとしては、地理的な距離がある場合（遠隔地の税務局が担当する場合等）、調査の規模が比較的小さい場合、コロナ後の運用として継続されているケースなどがあります。

電子申告・デジタル帳簿の確認が主流に

e-Tax（電子申告）が普及したことで、調査官はオフィスにいながら申告データを詳細に確認できるようになりました。また、電子帳簿保存法の改正（2022年施行）により、電子データでの帳簿保存が義務化・推奨されたことで、デジタルデータの確認が税務調査でも一般化しています。

オンライン調査への具体的な準備

電子帳簿・デジタルデータの整理

オンライン調査に備えるためには、帳簿・証拠書類をデジタル形式で整理しておくことが重要です。クラウド会計（freee・マネーフォワード等）を使っている場合は、取引データのエクスポートや証憑（領収書等）のスキャン保存が有効です。

電子帳簿保存法では、電子データで受領した書類（メールの請求書・電子領収書等）は電子データのまま保存することが原則義務となっています（2024年1月以降）。この規定に準拠していない場合、調査で指摘されるリスクがあります。

オンライン面談の準備

オンライン調査では、ビデオ通話での面談が行われることがあります。事前に準備しておくことで、スムーズな対応が可能です。

• ビデオ通話環境（PC・Webカメラ・マイク）の確認
• 画面共有で書類を提示できる環境の準備
• 調査官に送付する電子データの整理（PDF形式推奨）
• 税理士との事前打ち合わせ（同席する場合はオンラインで共同参加）

オンライン調査でも税理士の同席が重要

オンライン調査であっても、税理士が同席（オンラインで共同参加）することのメリットは変わりません。調査官との交渉、不必要な書類の開示を防ぐ、指摘が法的に正当かどうかの判断——これらは対面・オンラインを問わず、税理士の専門知識が必要な場面です。

電子帳簿保存法への対応状況の確認を

2024年以降の電子帳簿保存法対応チェックリスト

税務調査でのデジタル確認に備えるため、電子帳簿保存法への対応状況を以下の観点で確認してください。

• 電子メールで受け取った請求書・領収書は電子データのまま保存しているか
• 電子データの保存ルール（ファイル名・保存フォルダ構成）を定めているか
• 検索機能要件（日付・金額・取引先で検索できる形式）を満たしているか
• クラウド会計ソフトのデータバックアップを定期的に取っているか

丸亀・坂出・善通寺・多度津の経営者の方へ

北村嘉章税理士事務所では、電子帳簿保存法への対応サポートから、オンライン税務調査への対応まで、香川県内（丸亀・坂出・善通寺・多度津）の経営者の方を幅広くサポートしています。「電子帳簿保存法の対応ができているか不安」「税務調査の通知が来た」という方は、まずはご相談ください。

0877-89-4967（受付：9:00〜18:00）
初回相談無料でお受けしています。

税務調査が来やすい企業・個人の特徴

税務調査の対象は無作為ではなく、一定の選定基準があります。国税庁の申告データと業界平均を比較した際に不自然な点がある事業者が選ばれやすい傾向があります。具体的には、売上に対して利益率が極端に低い・現金売上の多い業種（飲食・小売・士業等）で申告所得が低い・急激な売上増減がある・高額な交際費・旅費が計上されている・同族会社で不自然な取引があるなどです。これらに該当する場合、普段から適切な処理を心がけることが重要です。

税務調査の事前準備チェックリスト

税務調査の連絡を受けた際に備えて、次の書類を整理しておくことをお勧めします。過去5〜7年分の確定申告書・決算書、売上・仕入の請求書・領収書（紙・電子データ両方）、通帳のコピー（すべての口座）、従業員への給与関連書類（源泉徴収・年末調整）、不動産・固定資産の契約書・登記事項証明書、役員貸付金がある場合は関連書類などです。事前に税理士と確認しておくことで、調査当日を落ち着いて迎えられます。

税務調査当日の対応ポイント

調査当日は、調査官の質問に対して「事実のみ」を答えることが原則です。わからないことは「確認してから回答する」と伝えましょう。税理士が立会っている場合は、調査官とのやり取りを税理士が整理・補足するため、余計な発言を防げます。また調査官からの要求が調査の範囲を超えていると感じる場合も、税理士を通じて対応することで適切な範囲内に収めることができます。

調査後の修正申告・更正処分について

税務調査の結果、誤りが指摘された場合は修正申告書の提出を求められます。修正申告に応じた場合は過少申告加算税（原則10%）と延滞税が発生します。一方、調査官の指摘内容に納得できない場合は「更正処分」を受け、その後に不服申立て（再調査の請求・審査請求）や税務訴訟を行う選択肢もあります。修正申告を安易に受け入れる前に、税理士と十分に協議することが重要です。

丸亀税務署管内での調査傾向

丸亀税務署は丸亀市・善通寺市・仲多度郡（多度津町・琴平町・まんのう町）を管轄しています。管内では農業・建設業・小売業・飲食業の調査が比較的多い傾向にあります。農業を営む事業者では農業所得の計上方法、建設業では外注費の処理・収益の計上基準が注目されることが多いです。地域の特性を熟知した当事務所が、調査前の対策から当日の立会いまでサポートします。

よくある質問（Q&A）

Q：税務調査の連絡が来ましたが、税理士がいません。すぐ依頼できますか？
A：はい、対応可能です。まずはお電話またはメールでご相談ください。調査日程の調整から対応します。

Q：個人事業主でも税務調査は来ますか？
A：来ます。特に副業・不動産収入・フリーランスで申告所得が低いケースや、高額な経費計上がある場合は注意が必要です。

税務調査と関連する最新の法改正

税務調査に関連して、近年の法改正で注意すべき点があります。電子帳簿保存法の改正（2024年以降）により、電子取引データの電子保存が義務化されました。調査官が電子帳簿の確認を求める際、適切に保存されていない場合は不利な扱いを受ける可能性があります。またインボイス制度の導入後は、仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの確認・管理が新たな調査項目となっています。

さらに国税庁はデジタルインボイスの普及や、AIを活用した申告データの分析を進めています。申告内容の不自然な点を以前より精度高く検出できるようになっているため、適切な帳簿管理と正確な申告がますます重要になっています。

税務調査対応の費用について

税務調査の立会いや事前対策の費用は、対応内容・期間によって異なります。顧問契約中の場合、調査当日の立会いは顧問料に含まれるケースが多いです。顧問契約のない方が調査対応を依頼する場合は、別途費用が発生します。費用については事前にお見積もりをお伝えしますので、安心してご相談ください。税務調査で追徴課税を受けた場合の損失に比べ、専門家費用は十分に見合うケースがほとんどです。