丸亀市・坂出市・善通寺市・三豊市の法人経営者へ｜税務調査の4部門とは？中小企業が今すぐすべき対策を税理士が解説

「税務調査には種類があるの？」——法人経営者の多くは「税務調査＝1つのもの」と思っていますが、実は税務署には複数の部門があり、それぞれが担当する調査内容が異なります。この記事では、税務調査の4部門（4つの種類）と、丸亀・坂出・善通寺・三豊の中小企業が今すぐ行うべき対策をお伝えします。

税務調査の4つの種類（部門）

1. 法人税・所得税調査（一般調査）

最も一般的な税務調査で、法人税や個人の所得税の申告内容を確認するものです。帳簿・領収書・通帳などを照合し、売上の計上漏れや経費の不正計上がないかを調べます。中小企業・個人事業主が最も遭遇しやすい調査です。

2. 消費税調査

消費税の申告内容を確認する調査です。特に2023年10月のインボイス制度導入後は、適格請求書（インボイス）の発行・保存・処理が適切かどうかの確認が重点項目になっています。仕入税額控除の誤りや、免税事業者からの仕入れの処理なども確認されます。

3. 源泉徴収調査

役員報酬・従業員給与・外注費・不動産の賃料・士業への報酬などに対する源泉徴収が正しく行われているかを調べる調査です。特に「外注費」として計上している費用が実質的に「給与」に該当する場合、源泉徴収漏れとして追徴されることがあります。

4. 相続税・贈与税調査

個人の相続税・贈与税の申告内容を確認する調査です。申告漏れの財産（名義預金・タンス預金・生前贈与など）がないかを中心に調べます。相続税調査は、申告から1〜2年後に来ることが多いとされています。

中小企業が今すぐすべき対策

対策1：帳簿・証憑の整備

どの部門の調査でも、最終的に確認されるのは帳簿と証憑（領収書・請求書・通帳）です。日頃から整理・保管しておくことが最大の調査対策になります。電子帳簿保存法（電子データでの保存義務）にも対応しておく必要があります。

対策2：外注費と給与の区分を明確に

個人に業務を依頼する場合、「外注費（委託）」か「給与（雇用）」かの区分が非常に重要です。雇用実態があるにもかかわらず「外注費」として処理すると、源泉徴収漏れとして指摘されます。契約書・業務指示の方法・報酬の支払い方法などを整理しておきましょう。

対策3：インボイス対応を確認する

2023年10月以降、仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの確認が必要です。インボイスが要件を満たしていない場合、仕入税額控除が受けられなくなります。定期的に取引先のインボイス登録状況を確認し、適切な処理を行いましょう。

対策4：顧問税理士に相談して定期的なチェックを行う

税務調査の対策は、問題が起きてから対処するより、日頃から顧問税理士と連携して予防的に行う方が効果的です。月次の帳簿確認の際に「税務調査で指摘されそうな箇所」を一緒に確認しておくことをおすすめします。

北村嘉章税理士事務所の税務調査対策サポート

北村嘉章税理士事務所は、丸亀市・坂出市・善通寺市・三豊市の中小企業を中心に、税務調査に強い顧問サービスを提供しています。

• 月次での帳簿確認・リスク箇所のチェック
• 外注費・給与の区分整理
• インボイス対応のチェックと改善
• 税務調査通知後の対応・立会い

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